A diferença principal está na posição do motor dentro do carro. No motor longitudinal, ele fica 'deitado' no sentido do comprimento do veículo, alinhado com as rodas. Já no transversal, ele fica 'deitado' na largura do carro, cruzando de um lado para o outro. É como comparar uma régua colocada ao longo da mesa (longitudinal) com uma régua colocada atravessada na mesa (transversal).
Essa escolha de engenharia afeta muito o projeto do carro. Os motores longitudinais são mais comuns em carros com tração traseira ou integral, como muitos sedãs de luxo, picapes e SUVs maiores. Já os transversais dominam nos carros de tração dianteira, que são a maioria dos populares e compactos no Brasil, porque economizam espaço no compartimento do motor.
Na prática, essa diferença impacta a dirigibilidade e a manutenção. Carros com motor longitudinal costumam ter melhor distribuição de peso entre os eixos, o que pode dar mais estabilidade em altas velocidades. Já os com motor transversal geralmente têm mais espaço interno, pois o motor ocupa menos comprimento, liberando área para a cabine.
Para manutenção, a posição do motor muda o acesso a alguns componentes. No transversal, coisas como correia dentada e bomba d'água podem ficar mais espremidas contra o guarda-lama, exigindo mais trabalho para trocar. No longitudinal, o acesso costuma ser mais direto, mas o motor maior pode dificultar alcançar a parte de trás dele. Em ambos os casos, é sempre recomendável procurar um mecânico familiarizado com o modelo específico.