O sistema de navegação por GPS nativo é aquele que já vem instalado de fábrica no carro, integrado ao painel multimídia do veículo. Diferente de usar o celular com Waze ou Google Maps, ele é projetado especificamente para aquele modelo de carro, com a tela, os controles e a interface já adaptados. É como se fosse uma parte original do carro, assim como o rádio ou o ar-condicionado.
Na prática, ele funciona com satélites para mostrar sua localização em tempo real e te guiar até o destino que você programar. Muitos sistemas nativos também oferecem informações de trânsito em tempo real (às vezes com assinatura), pontos de interesse integrados e, em carros mais modernos, até atualizações de mapa por conexão com a internet do veículo ou por meio de um pen drive.
A grande vantagem é a integração: ele geralmente usa os alto-falantes do carro para as orientações de voz, pode mostrar as setas no painel de instrumentos ou no head-up display, e não depende da bateria ou do sinal do seu celular. No entanto, muitos sistemas nativos antigos ficam desatualizados rapidamente, pois as ruas e rotas mudam, e as atualizações de mapa podem ser pagas ou trabalhosas de instalar.
Comparando com o uso do celular, o GPS nativo é mais elegante e integrado, mas os aplicativos de celular costumam ser mais atualizados, ter informações de trânsito mais precisas e serem gratuitos. Em carros mais novos, essa linha está ficando tênue, pois muitos já trazem sistemas com Android Auto e Apple CarPlay, que basicamente projetam a tela do seu celular (com seus apps de navegação preferidos) no multimídia do carro, unindo o melhor dos dois mundos.